Kaiserslautern - Fachbereich Biologie
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In Rahmen der vorliegenden Arbeit wurde die begonnene Analyse zur Genregulation durch den potentiellen Transkriptionsregulator PepR1 aus Lactobacillus delbrückii subsp. lactis DSM7290 fortgesetzt. PepR1 wurde aufgrund von Aminosäuresequenz-Ähnlichkeiten zu Proteinen der CcpASubfamilie, die zur GalR/LacI-Familie transkriptioneller Regulatoren gehört,identifiziert. Das pepR1-Gen ist divergierend zum pepQ-Gen angeordnet, welches für die Peptidase Q kodiert. Beide Gene besitzen eine gemeinsame intergene Region von 152 bp. Bei Promotorstudien im heterologen E. coli mit einem partiellen β-Galaktosidase-Gen (´lacZ) aus E. coli, welches mit einem Teilbereich der intergenen Region von pepR1 und pepQ sowie den ersten sechs Kodons des pepQ-Gens fusioniert wurde, erhöhte die Anwesenheit von PepR1 in trans die gemessene Aktivität des β-Galaktosidase-Fusionskonstruktes um einen Faktor von 1,95; während zwei im cre-Operator mutierte Varianten desselben Promotors nur 1,26- bzw. 1,21-fach erhöhte Aktivitäten zeigten. Analog ausgeführte Analysen mit den ebenfalls cre-ähnliche Elemente enthaltenden Promotorbereichen der Peptidasegene pepI und pepX ließen keine signifikante Beeinflussung der Expression der Reporterkonstrukte durch PepR1 erkennen. Bandshift-Analysen mit gereinigten PepR1-Protein und dem nicht modifizierten pepQ-Promotorfragment sowie einer Variante mit einem in zwei Basenpaaren mutierten cre-Operator zeigten die vollständige Retardierung beider DNA-Fragmente. Diese Resultate konnten die 14 bp palindromische cre-Sequenz als den cis-aktiven Operator für die Wirkung des DNA-bindenden Regulators PepR1 bestätigen. Die CcpA-äquivalente Funktion von PepR1 aus Lb. delbrückii subsp. lactis als pleiotroper Regulator wurde durch die partielle Komplementation einer ccpA-Mutation von Staphylococcus xylosus C2a durch das pepR1-Gen von Lactobacillus delbrückii subsp. lactis nachgewiesen. In der durch das plasmidkodiert vorliegende pepR1-Gen komplementierten ccpA-Mutante von Staphylococcus xylosus C2a war die Zucker-vermittelte Repression der α-Gluko-sidase in Gegenwart von Glukose als Kohlenstoffquelle im Vergleich zum Wildtyp fast komplett wiederhergestellt. Die autogene Regulation von pepR1 wurde in E. coli durch die parallele Expression des mit dem promotorlosen ´lacZ-Gen translational fusionierten pepR1-Promotors und dem unter der Kontrolle des eigenen bzw. des E. coli lac-Promotors exprimierten PepR1 gezeigt. Die Anwesenheit von PepR1 in trans reprimierte in beiden Fällen die Aktivität des PpepR1-´lacZ-Reporterkonstruktes um einen Faktor von zwei. Die Transkripte der Peptidasegene pepI, pepQ, pepX und des pepR1-Gens wurden parallel zur Bestimmung der zugehörigen Aktivitäten der Peptidasen I, Q, und X über den Wachstumsverlauf von in Glukose oder Laktose wachsenden Zellen von Lb. delbrückii subsp. lactis verfolgt. Beim Wachstum mit Glukose war die PepQ-Aktivität gegenüber Laktose durchschnittlich um einen Faktor von 1,8 erhöht, die Menge an pepQ-mRNA korrelierte mit den Aktivitäten. Die Aktivitäten der Pep I und der Pep X waren bei in Laktose kultivierten Zellen leicht erhöht, sie zeigten jedoch Wachstumsphasen-abhängige Modulationen bei den Aktivitäten sowie Abweichungen bei der Korrelation von enzymatischer Aktivität zur Menge an spezifischer mRNA. Die Menge an pepR1-spezifischer mRNA variierte Wachstums-phasenabhängig sowohl bei der Glukose- als auch der Laktose-Kultur mit einem Faktor von zwei bis drei. Die lac-Region von Lactobacillus delbrückii subsp. lactis DSM7290 wurde kloniert, sequenziert und partiell charakterisiert. Durch den Vergleich mit DNA-Sequenzdaten von bekannten lac-Genen anderer Milchsäurebakterien konnten drei offene Leserahmen ermittelt werden. Das lacP-Gen (1881 bp), dessen unvollständiger 5´-Genabschnitt durch Inverse PCR komplettiert wurde, kodiert für eine Permease. Drei Basenpaare stromabwärts von lacP beginnt das Gen lacZ (3024 bp) für die β-Galaktosidase, auf die in gleicher Leserichtung 51 bp stromabwärts, das an seinem 3´-Ende nur unvollständig vorliegende lacR´ folgt. Northern-Blot-Analysen konnten zeigen, daß lacP und lacZ (sowie vermutlich auch lacR´) bei Wachstum von Lb. delbrückii subsp. lactis DSM7290 in Medium mit dem Zucker Laktose als mRNA von circa 6,15 kb Größe gemeinsam transkribiert werden. Die durch CcpA/PepR1-vermittelte Kontrolle über cre-Operatoren des lac-Promotors konnte mit zwei Translationsfusionen von Plac mit dem ´lacZ aus E. coli in S. xylosus lac- bzw. lac- und ccpA-Mutanten gezeigt werden.
Fragmentation of tropical rain forests is pervasive and results in various modifications in the ecosystem functioning such as … It has long been noticed that the colony densities of a dominant herbivore in the neotropics - leaf-cutting ant (LCA) - increase in fragmentation-related habitats like forest edges and small fragments, however the reasons for this increase are not clear. The aim of the study was to test the hypothesis that bottom-up control of LCA populations is less effective in fragmented compared to continuous forests and thus explains the increase in LCA colony densities in these habitats. In order to test for less effective bottom-up control, I proposed four working hypotheses. I hypothesized that LCA colonies in fragmented habitats (1) find more palatable vegetation due to low plant defences, (2) forage on few dominant species resulting in a narrow diet breadth, (3) possess small foraging areas and (4) increase herbivory rate at the colony level. The study was conducted in the remnants of the Atlantic rainforest in NE Brazil. Two fragmentation-related forest habitats were included: the edge and a 3500-ha continuous forest and the interior of the 50-ha forest fragment. The interior of the continuous forest served as a control habitat for the study. All working hypotheses can be generally accepted. The results indicate that the abundance of LCA host plant species in the habitats created by forest fragmentation along with weaker chemical defense of those species (especially the lack of terpenoids) allow ants to forage predominantly on palatable species and thus reduce foraging costs on other species. This is supported by narrower ant diet breadth in these habitats. Similarly, small foraging areas in edge habitats and in small forest fragments indicate that there ants do not have to go far to find the suitable host species and thus they save foraging costs. Increased LCA herbivory rates indicate that the damages (i.e., amount of harvested foliage) caused by LCA are more important in fragmentation-related habitats which are more vulnerable to LCA herbivory due to the high availability of palatable plants and a low total amount of foliage (LAI). (1) Few plant defences, (2) narrower ant diet breadth, (3) reduced colony foraging areas, and (4) increased herbivory rates, clearly indicate a weaker bottom-up control for LCA in fragmented habitats. Weak bottom-up control in the fragmentation-related habitats decreases the foraging costs of a LCA colony in these habitats and the colonies might use the surplus of energy resulting from reduced foraging costs to increase the colony growth, the reproduction and turnover. If correct, this explains why fragmented habitats support more LCA colonies at a given time compared to continuous forest habitats. Further studies are urgently needed to estimate LCA colony growth and turnover rates. There are indices that edge effects of forest fragmentation might be more responsible in regulating LCA populations than area or isolation effects. This emphasizes the need to conserve big forest fragments not to fall below a critical size and retain their regular shape. Weak bottom-up control of LCA populations has various consequences on forested ecosystems. I suggest a loop between forest fragmentation and LCA population dynamics: the increased LCA colony densities, along with lower bottom-up control increase LCA herbivory pressure on the forest and thus inevitably amplify the deleterious effects of fragmentation. These effects include direct consequences of leaf removal by ants and various indirect effects on ecosystem functioning. This study contributes to our understanding of how primary fragmentation effects, via the alteration of trophic interactions, may translate into higher order effects on ecosystem functions.
Bei gängigen Verfahren zur Untersuchung von unbekannten Duftstoffgemischen sind entweder die Selektivität, die Empfindlichkeit oder aber die zeitliche Auflösung des Systems nicht ausreichend für eine gute und schnelle Analyse. Sollen diese Ansprüche erfüllt werden, so besteht Bedarf nach einem neuen Verfahren, welches schnell und dennoch sehr genau Duftstoffgemische analysieren kann. In dieser Arbeit wird ein solches Verfahren und ein neu entwickeltes Meßsystem vorgestellt, welches mittels Potentialänderung einer Insektenantenne (Elektroantennogramm, EAG) Duftstoffgemische auf deren Komponenten und Konzentrationen bestimmen kann. Dazu werden Basis-Reizstoffe ermittelt, welche ihrerseits zur Quantifizierung der Komponenten des zu untersuchenden Duftstoffgemischs benötigt werden. Je mehr dieser Basis-Reizstoffe bekannt und zur Bestimmung des Duftstoffgemischs eingesetzt werden können, desto genauer wird die Analyse. Zu diesem Zweck wurde ein multidimensionales EAG-Meßsystem entwickelt, mit dem 7 Basis-Reizstoffe mit je 2 Konzentrationen verwendet werden können. Zur Ermittlung der Basis-Reizstoffe wurde ein Verfahren entwickelt und Überlagerungsversuche von Duftstoffen mit dem Kartoffelkäfer Leptinotarsus decemlineata durchgeführt. Dabei konnte ein Triplett von Basis-Reizstoffen gefunden werden. Zudem konnte durch Überlagerungsversuche von Pflanzenduftstoffen und Pheromon mit dem Bekreuzten Traubenwickler Lobesia botrana gezeigt werden, daß die Anwesenheit von Pflanzenduftstoffen die Bestimmung der Konzentration des Pheromons mit dem EAG-Meßsystem und dem Zusatzreizverfahren nicht beeinträchtigt. Pheromon einerseits und Pflanzenduftstoffe andererseits werden getrennt voneinander mit einer hohen Selektivität von der Insektenantenne registriert. Das entwickelte Verfahren und Meßsystem kann ebenfalls zur Überprüfung der Selektivität einer Insektenantenne auf Duftstoffe benutzt werden.
In dieser Arbeit wurden auf der Basis des felinen Foamyvirus (FFV) bzw. Spumaretrovirus diverse replikationsdefiziente Vektoren entwickelt und deren Tranduktionseffizienz, Stabilität, Markergenexpression und biologische Sicherheit unter Zellkulturbedingungen charakterisiert. Ausgehend von replikationskompetenten FFV-Vektoren wurden zunächst so genannte selbst-inaktivierende (SIN) Vektoren, in welchen die LTR-Promotoraktivität inhibiert ist, konstruiert. Diese FFV-SIN-Vektoren erlaubten eine stabile Transduktion und Markergenexpression, entwickelten jedoch nach einer begrenzten Zeit replikationskompetente Revertanten und waren daher nicht zur Transduktion langlebiger Zellen geeignet. In Analogie zu humanen Foamyvirus-basierenden Vektoren wurde anschließend ein Großteil der env-Sequenz aus den SIN-Vektoren deletiert, um die biologische Sicherheit der Vektoren zu erhöhen. Diese Env-deletierten und FFV-Promotor-abhängigen Vektoren waren allerdings aufgrund eines schwachen und schnell abklingenden Markergentransfers nicht zur effizienten und stabilen Markergentransduktion geeignet. Zur Entwicklung replikationsdefizienter Vektoren mit einem starken heterologen Promotor zur Markergenexpression wurden verschiedene Deletionen in das Vektorgenom eingeführt und Helferplasmide für die Strukturgene bzw. viralen Enzyme kloniert. Hiermit wurde ein transientes Transfektionssystem zur Produktion von Vektorpartikeln etabliert, wobei die für den Markergentransfer essentiellen cis-agierenden Sequenzen auf dem FFV-Genom identifiziert wurden. Die Lokalisation zweier essentieller cis-agierender Sequenzen am 5’-Ende des Genoms und in pol ermöglichte die anschließende Konstruktion replikationsdefizienter Bel1-unabhängiger Vektoren, in denen die 3’ von pol liegenden Gene fast vollständig deletiert und durch eine Expressionskassette, bestehend aus dem humanen Ubiquitin C-Promotor und dem lacZ-Gen, ersetzt wurden. Diese neuen FFV-basierenden Vektoren erlauben einen effizienten Markergentransfer und ermöglichen eine stabile Transduktion diverser Zielzellen bei gleichzeitiger nicht nachweisbarer viraler Genexpression und replikationskompetenter Revertanten. Daher sind diese Vektoren biologisch sicher, zur Transduktion langlebiger Zellen geeignet und können daher für gentherapeutische Untersuchungen in tierexperimentellen Modellen verwendet werden.